Naknada koju ostvaruju članovi upravnih vijeća javnih ustanova oporezuje se kao drugi dohodak. Naime, u čl. 32. st. 3. Zakona o porezu na dohodak propisano je da se primicima od drugog dohotka, među ostalim, smatraju ‘…primici ostvareni po osnovi djelatnosti članova upravnih vijeća i drugih njima odgovarajućih tijela drugih pravnih osoba…’.
Naknada za članstvo u upravnom vijeću podliježe plaćanju doprinosa za obvezna osiguranja i poreza na dohodak. Iz bruto naknade obračunava se 20 posto doprinosa za mirovinsko osiguranje (ako je osoba osigurana drugog stupca mirovinskog osiguranja, tada 15% + 5%), a na bruto naknadu 15% doprinosa za osnovno zdravstveno osiguranje. Doprinos za mirovinsko osiguranje umanjuje poreznu osnovicu. Porez na dohodak obračunava se po stopi od 25 posto, a prirez ovisno o prebivalištu poreznog obveznika.
Na jedan način obračunava se naknada koja se isplaćuje članovima upravnog vijeća koji su u radnom odnosu u javnoj ustanovi i vanjskim članovima koji nisu zaposlenici isplatitelja. Naime, čl. 44. st. 3. Pravilnika o porezu na dohodak propisuje da se od primitaka na osnovi rada članova upravnih vijeća i drugih tijela pravnih osoba utvrđuje drugi dohodak iako se radi o primicima isplaćenim osobama koje su u radnom odnosu kod isplatitelja. Dakle, naknada koja se isplaćuje predstavnicima radnika u upravnom vijeću ustanove oporezuje se kao drugi dohodak.