U vrijeme donošenja Zakona o PDV-u u stručnim su se krugovima vodile rasprave o opravdanosti oporezivanja predujmovska s obzirom na to da se prema odredbama Zakona o PDV-u oporezuju isporuke dobara i usluga, a ne oporezuju se novčane transakcije. Naime, u tom slučaju dolazi do oporezivanja financijske transakcije, odnosno unaprijed priljene novčanih sredstava za djelomično obavljenje isporuke dobara i usluga ili oporezivanja unaprijed priljene novčanih sredstava za ugovorene, ali još neobavljene isporuke.
No, bez obzira na dvojbe u vezi s hrvatskim Zakonom o PDV-u, predujmovi se oporezuju PDV-om i, kad je o tome riječ, neće biti izmjena, pa ni pri usklađivanju sa Šestom smjernicom EU, s obzirom na to da u tom dijelu nema odstupanja. Naime, u toj je smjernici EU, u članku 10. točki 2. stavku 2. poglavlja VII. – Nastanak porezne obveze i obračunavanje poreza – propisano da će se porez, ako se uplata treba izvršiti na račun prije nego što se izvrši isporuka dobara ili obavi usluga, obračunati nakon primitka plaćanja, i to na priljene iznos. Također se propisuje da je porezni obveznik obvezan izdati račun za iznose što mu ih je na račun uplatio drugi porezni obveznik prije nego što je učinjena ili izvršena isporuka dobara ili obavljena usluga.
Prema odredbama Zakona o PDV-u propisano je da za priljene predujmove porezna obveza nastaje istekom obračunskog razdoblja u kojemu su naplaćeni. Kod plaćenih predujmov pretporez se može odbiti ako su primatelji predujmov izdali ispravne račune sa svim propisanim podacima. Pri oporezivanju predujmovi jednako se postupa kad je riječ o poreznim obveznicima poreza na dobit, koji imaju pravo na odbitak pretporeza prema priljene računima koji ne moraju biti plaćeni, ili poreznim obveznicima poreza na dohodak koji imaju pravo na odbitak pretporeza samo prema plaćenim računima.
Naime, Zakonom je propisano da porezni obveznik obračunava PDV prema izdanim računima u obračunskom razdoblju. Kao iznosi izdanih računa, među ostalim, smatraju se i iznosi za priljene (naplaćene) predujmove iako nije bilo isporuke dobara ili usluga, ali je naplata izvršena. Prema Pravilniku o PDV-u propisano je da kod predujmovi porezna obveza nastaje istekom obračunskog razdoblja u kojemu su naplaćeni, dakle u trenutku naplate predujma, a ne isporuke dobara ili obavljanja usluge.
Za priljene predujmove, odnosno uplate izvršene prije isporuke dobara ili obavljenih usluga, porezni obveznik mora ispostaviti račun s obračunanim porezom da bi davatelj predujima imao pravo na povrat poreza. Kad se okonča ugovoren posao, tj. pri konačnoj isporuci dobra odnosno konačno obavljenoj usluzi, ispostavlja se račun u kojem se zaračunava cjelokupna isporuka odnosno obavljena usluga, a račun za predujam se poništava.