Porezna uprava vratit će preplaćeni iznos samo ako porezni obveznik nema evidentiranih dospjelih neplaćenih obveza za javna davanja koja naplaćuje porezno tijelo.
Obveznici poreza na dohodak i obveznici poreza na dobit tijekom godine plaćaju predujam poreza na dohodak i poreza na dobit, a konačni se obračun provodi podnošenjem godišnje porezne prijave kojom je obuhvaćeno cijelo porezno razdoblje. Iznimno, fizičke osobe koje ostvaruju dohodak od samostalne djelatnosti i svi obveznici poreza na dobit u prvoj godini poslovanja ne plaćaju predujam poreza. Obveznici poreza na dohodak koji mjesečni predujam poreza plaćaju prema rješenju porezne uprave to rješenje obvezuje sve dok im porezno tijelo ne izda novo rješenje. Nema automatizma u promjeni obveznih mjesečnih predujmova iako su u prethodnoj poreznoj prijavi možda iskazali gubitak u poslovanju. Porezno tijelo može im izmijeniti rješenje i smanjiti iznos mjesečnog predujma samo ako to pisano zatraže, s time da se zahtjev mora obrazložiti podacima koji se inače navode u godišnjoj poreznoj prijavi.
Obveznici poreza na dobit uvijek plaćaju mjesečni predujam poreza određen na temelju podataka iz prethodne godišnje porezne prijave. Njima je osiguran automatizam u određivanju svote predujmova jer se mjesečni iznos predujma za svako porezno razdoblje određuje na temelju podataka iz zadnje porezne prijave. Iskrsnu li izvanredne okolnosti, i obveznik poreza na dobit može zatražiti da mu se predujam smanji.
Obveznici poreza na dobit – svi, bez iznimke – moraju podnijeti godišnju poreznu prijavu, a obveznici poreza na dohodak dijele se na one koji moraju i na one koji, ako im je isplativo, mogu podnijeti poreznu prijavu, ali i ne moraju. U godišnjoj prijavi navodi se podatak o predujmu poreza plaćenom tijekom porezno razdoblja i taj se iznos uspoređuje s utvrđenom godišnjom obvezom. U slučaju da je tijekom godine plaćeno više poreza nego što je konačno utvrđena porezna obveza porezni obveznik ima pravo na povrat preplaćene svote poreza.
U novom Općem poreznom zakonu koji se primjenjuje od 1. siječnja 2009. propisan je rok od godinu dana za donošenje rješenja na temelju godišnje porezne prijave. Rok u kojem je porezna uprava dužna vratiti preplaćene svote poreza nije propisan. Dakako, posebnim je zakonom određen rok u kojem je porezni obveznik dužan platiti svoju obvezu ako prema godišnjoj prijavi duguje porez. Obveznici poreza na dobit moraju platiti obračunatu razliku već pri podnošenju porezne prijave, a za obveznike poreza na dohodak rok plaćanja jest 15 dana od primitka rješenja.
