Stabiliziraju membranu citoplazme bakterija. Jedan od proizvoda laktobacila jest i arginin deaminaza, enzim koji metabolizira aminokiseline potrebne za rast i razvoj patogenih bakterija. Prijamajući uza stijenku vagine, biofilm koji stvara vaginalna flora djeluje poput prave barijere koja ograničava prijanjanje patogena. Ta je sposobnost mnogo veća u kiseloj pH-okolini, tj. u normalnoj i zdravoj vaginalnoj okolini. Laktobacili proizvode i biosurfaktant, posebno surfaktin, koji sprječava da naseljavanje patogena poput E. coli i Candida albicans na sluznicu.
Kiselja okolina od pH četiri rezultat je dobre ravnoteže mikroorganizama koji nastanjuju vaginu. Ona prevenira rast patogenih klica. Kad se patogeni previše rašire zbog bolesti ili uzimanja lijekova (antibiotici, imunosupresori), mijenja se vaginalna okolina i nastaju infekcije koje izaziva jedan ili više agensa. Tada se često govori o upali donjeg i gornjeg ženskog genitalnog trakta iako je, zapravo, riječ o nerazdvojnim cjelinama u dijagnostici, terapiji i prevenciji. Infekcije donjega genitalnog trakta odnose se na bolesti izazvane virusima (sida, genitalni herpes, humani papiloma virus, hepatitis) i bakterijama (sifilis, gonorreja, klamidija) i na vaginitis koji nastaje kao posljedica poremećaja u sastavu vaginalne flore.
Vrijednost vaginalne flore mijenja se i tijekom života, pa je tako u predfertilnom razdoblju karakterizira znatno manje laktobacila, manja sekrecija glikogena zbog nedostatka estrogena, posljedica čega su promjene vaginalnog pH, koji se kreće oko sedam. Pod utjecajem estrogena u fertilnom je razdoblju žene metabolizam glikogena u mliječnoj kiselinii mnogo niži, a vaginalni je pH otprilike 4,5. Vaginalnu floru može promijeniti i trudnoća: u nekim slučajevima smanjuje količinu laktobacila, a u nekim oni gotovo nestaju.
