Dugu polovinu 2013. obilježilo je nekoliko događaja važnih za Agenciju za zaštitu tržišnog natjecanja. Prijelomnica je, svakako, bilo pristupanje Republike Hrvatske u punopravno članstvo EU, koje je u ukupnom sustavu zaštite tržišnog natjecanja i državnih potpora tražilo i znatne promjene pravnog okvira. Stoga su od 1. srpnja 2013. u primjeni Zakon o izmjenama i dopunama Zakona o zaštiti tržišnog natjecanja (ZZTN) te novi Zakon o državnim potporama (ZDP). Krajnje pojednostavljeno, tim je promjenama zaštita tržišnog natjecanja u Hrvatskoj postala dio sustava zaštite tržišnog natjecanja EU. Istodobno, ojačane su ovlasti Agencije budući da će biti nadležna i za izravnu primjenu pravne stečevine EU iz područja zaštite tržišnog natjecanja koja se odnosi na kontrolu ponašanja poduzetnika na tržištu. Agencija će tako u nekim slučajevima voditi postupke usporedbom primjenom članaka 101. i 102. Ugovora o funkcioniranju EU (UFEU) i odgovarajućih odredbi ZZTN-a. Ta paralelna nadležnost primjenjiva je u slučajevima narušavanja tržišnog natjecanja zabranjenim sporazumima između poduzetnika i zloupotrebe vladajućeg položaja sa znatnim učinkom na trgovinu između Hrvatske i država članica EU.
Istovremeno, postupke protiv hrvatskih poduzetnika koji svojim ponašanjem na tržištu krše odredbe članaka 101. i 102. UFEU-a može pokrenuti i Europska komisija (EK). Također, i u području kontrole koncentracija, u slučajevima kada koncentracija ima dimenziju EU, hrvatski poduzetnici imaju obvezu prijave namjere provedbe takve koncentracije EK. Takva paralelna nadležnost podrazumijeva blisku i svakodnevnu suradnju Agencije s EK i nacionalnim agencijama drugih država članica koja se provodi putem Europske mreže tijela za zaštitu konkurencije (ECN). Suradnja ne uključuje samo razmjenu informacija o postupcima koji su u tijeku, već i zajedničke akcije, primjerice, zajedničke nenajavljene pretrage. Osim toga promijenjeni su uloga i ovlasti Agencije u sustavu državnih potpora. Nakon 10 godina Agencija je izgubila ovlasti za kontrolu zakonitosti, nadzor i povrat državnih potpora koje je u zemlji članici preuzela Europska komisija, a Agencija je postala svojevrsna posrednica između hrvatskih pružatelja potpora i EK, koji odlučuje o zakonitosti dodjela potpora.
