Pri donošenju odluke hoće li poduzetnik s prihodom manjim od tri milijuna kuna prijeći na sustav obračuna PDV-a prema naplaćenim naknadama treba voditi računa o tome da se isto načelo primjenjuje i na pravo na odbitak pretoreza.
Izmjenama Zakona o porezu na dođanu vrijednost, koje stupaju na snagu 1. siječnja 2015. godine, omogućava se poreznim obveznicima koji su u prethodnoj kalendarskoj godini ostvarili vrijednost isporuka dobara i usluga u iznosu koji nije veći od tri milijuna kuna obračunavanje i plaćanje PDV-a na temelju naplaćenih naknada.
Do sada je obračunavanje PDV-a prema naplaćenim naknadama bilo dopušteno samo obrtnicima i drugim fizičkim osobama obveznicima poreza na dohodak i oni su na svojim izlaznim računima bili obvezni stavljati oznaku R-2. Fizičkim osobama koje su obveznici poreza na dobit i svim pravnim osobama koje su do posljednje izmjene Zakona bile dužne obračunavati i plaćati PDV prema obavljenim isporukama, obveza uplate PDV-a u državni proračun dospijevala je u propisanim mjesečnim ili tromjesečnim rokovima, iako često nisu od kupca naplatili izlazni račun. Od 1. siječnja 2015. svaki poslovni subjekt koji je obveznik PDV-a s godišnjim prometom koji ne prelazi tri milijuna kuna može do kraja te godine izabrati između plaćanja PDV-a prema izdanim ili prema naplaćenim naknadama.
Graničnik koji obveznicima PDV-a daje pravo izbora metode obračunavanja PDV-a godišnji je promet od tri milijuna kuna, bez uključenog PDV-a. U taj se iznos obračunava vrijednost isporučenih dobara i usluga oporezivih PDV-om, ali i izvozne isporuke dobara, isporuke izjednačene s izvozom i isporuke u vezi s međunarodnim prijevozom koje su oslobodene PDV-a. Također u svotu od tri milijuna kuna godišnjeg prometa uračunava se vrijednost isporučenih nekretnina i usluga povezanih s osiguranjem, davanjem kredita i kreditnih garancija, posredovanjem u prodaji vrijednosnica i druge točno određene usluge financijskog sektora koje su oslobodene PDV-a.
Pravo prelaska na obračun PDV-a prema novčanom načelu ima svaki porezni obveznik koji ispunjava uvjet ostvarenoga godišnjeg prometa, neovisno o pravnom obliku organiziranja. Ako želi prijeći na plaćanje PDV-a prema naplaćenim naknadama, dužan je o tome obavijestiti Poreznu upravu do 1. siječnja sljedeće godine i ta ga odluka obvezuje u sljedeće tri godine. Iznimno je za 2015. godinu rok dostavljanja izjave nešto duži, pa su porezni obveznici dužni Poreznoj upravi dostaviti izjavu do 20. siječnja 2015. godine. No i oni se već od 1. siječnja 2015. ponašaju sukladno izjavi koju su dostavili Poreznoj upravi. Opredijele li se za tu opciju, odluka ih obvezuje za 2015., 2016. i 2017. godinu i tek od 2018. godine mogu, ako imaju interesa, promijeniti način obračunavanja PDV-a. Ako bi im i prije isteka roka od tri godine godišnji promet premašio brojku od tri milijuna kuna, obvezni su od 1. siječnja sljedeće godine ponovno se vratiti na način obračunavanja PDV-a prema izdanim računima.
