Na razini naručitelja, postoje brojni problemi koji utječu na dugotrajnost donošenja važnih odluka. Prečesto se odustaje ili poništava nadmetanje, a nedostaje sankcioniranje i personalizacija odgovornosti. Također, ne postoji partnerski odnos između konzultanta i investitora, a institucija ovlaštenog inženjera i glavnog projektanta se ne poštuje. Tehničko-funkcionalni zahtjevi nisu usklađeni s planiranim investicijama, a interna kontrola dokumentacije je neadekvatna. Nedostatak standardizacije, općih i posebnih uvjeta te tipizacije projekata dodatno otežava situaciju. Uz to, postoji nedostatak iskustva u upravnim postupcima, neuredno plaćanje, nesamostalan pristup financijskim sredstvima, nerealno zadani rokovi, loša komunikacija s predstavnicima lokalnih zajednica, te podređenost odlukama JASPERS-a (Joint Assistance to Support Projects in European Regions).
Na razini konzultanata, nemogućnost zapošljavanja najkvalitetnijega kadra zbog nedostataka novca predstavlja značajan problem. Također, strani konzultanti često slabo poznaju nacionalnu regulativu, što dodatno otežava situaciju.
Na razini državnih institucija, politizacija strateških odluka i prečesto mijenjanje regulative dovode do nedostatka vizije i prečeste izmjene strateških ciljeva. Sporost upravnih tijela u postupcima, neuskladena prostornoplanska dokumentacija, nesređene zemljišne knjige i njihova neusklađenost s katastrom, kao i nepostojanje kvalitetnog katastra vodova, predstavljaju dodatne izazove. Problemi u postupcima dobivanja rješenja o prihvatljivosti zahvata za okoliš i ekološku mrežu također su prisutni.
