Iako je Hrvatska gotovo dvije i pol godine članica EU i primjenjuje pravila oporezivanja PDV-om uređena direktivama koje obvezuju države članice, u praksi još ima dilema. Primjerice, mnogima još nije jasna razlika između obveze upisa u registar obveznika PDV-a i registracije za potrebe PDV-a.
Činjenica da se poslovni subjekt upisao u registar obveznika PDV-a još uvijek ne znači da je automatski registriran u VIES bazi podataka o poreznim obveznicima u svim državama članicama EU, osim ako to nije odmah zatražio. Tu dodatnu registraciju u VIES bazi podataka porezni obveznik dužan je zatražiti od Porezne uprave prije prve priljene ili dane isporuke iz ili u EU, što mu omogućava da se svojim identifikacijskim europskim poreznim brojem, koji se sastoji od prefiksa HR i OIB-a, koristi u transakcijama s poduzetnicima iz drugih država EU. Za obveznika PDV-a ne vrijedi prag stjecanja dobara koji se odnosi na tzv. male poduzetnike. Obveznik PDV-a dužan je već pri prvoj nabavi dobara iz druge države EU prodavatelju iz te države dostaviti svoj porezni broj registriran u VIES bazi, kako bi prodavatelj na njega kao stjecatelja prenio poreznu obvezu. Kad je riječ o uslugama koje se u pravilu oporezuju prema sjedištu primatelja usluge, obveznik PDV-a obvezan je na usluge primljene iz EU i iz trećih država obračunati obvezu PDV-a i odmah iskazati pravo na pretorez. Ako pruža takve usluge, tada odgovarajućom napomenom na računu prenosi poreznu obvezu na primatelja usluge u inozemstvu.