Upotreba e-računa ima mnogo prednosti: ubrzava naplatu i računovodstvo, povećava kontrolu nad primljenim i poslanim računima, a mogu se i spremati na središnje mjesto. No ima i nedostataka.
Prema izvještaju konzultantske tvrtke Capgemini, moguće koristi od upotrebe elektroničkih faktura dosežu 40 milijardi eura na godinu u cijeloj Europi i to samo u business-to-business sektoru. Neke od ključnih prednosti su brže povlačenje novca smanjivanjem vremena putovanja faktura, manji troškovi tiskanja i poštarine te manji troškovi educiranja i razvoja sustava. S druge strane, napominju u Komisiji, zapreke široj upotrebi elektroničkih faktura su već spomenuti velik raspon formata i standarda, razlike nacionalnih pravila o prihvatljivosti i vrijednosti e-računa i zabrinutost mnogih o sigurnosti.
Problem formata uspoređuje jednostavan transfer elektroničke faktura s jednog mjesta na drugo i sprječava korištenje svim prednostima e-fakture, različita nacionalna pravila otežavaju njihovu upotrebu u prekograničnim transakcijama, a zabrinutost u vezi sa sigurnosti odbija mnoge potencijalne korisnike.
