Dosad je provedba projekata iz nacionalnih fondova bila administrativno jednostavnija, s manje zahtjevnim procedurama. Očekuje se da će provedba takvih projekata sličiti provedbi onih iz fondova Europske unije.
Provedba projekata financiranih iz EU i nacionalnih fondova uključuje namjensko trošenje sredstava u skladu s potpisanim ugovorom između poduzetnika (korisnika) i provedbene agencije nadležne za praćenje provedbe i plaćanja (ugovorno tijelo). Prema ugovoru, korisnik je dužan opravdati ukupno prihvatljive troškove projekta za koje mu je odobreno sufinanciranje u određenom postotku. Ako sredstva nisu namjenski utrošena, poduzetnik ih treba vratiti. To je univerzalno pravilo koje vrijedi u EU i nacionalnim fondovima. Ulaskom Hrvatske u EU uspostavljen je transparentan sustav dodjele sredstava iz nacionalnih fondova kako bi se uskladio s pravilima EU. Iako je u Hrvatskoj posljednjih godina zabilježen veliki pomak u reguliranju procedura, još uvijek postoje znatne razlike u stupnju kompleksnosti provedbe projekata financiranih iz EU i nacionalnih fondova.
Dosad je u velikoj mjeri provedba projekata iz nacionalnih fondova bila administrativno jednostavnija s manje zahtjevnim procedurama. U budućnosti očekujemo da će provedba projekata iz nacionalnih fondova sličiti provedbi projekata iz fondova EU s obzirom na to da Hrvatska, kao i sve zemlje članice EU, mora uspostaviti učinkovit sustav temeljen na postizanju i praćenju rezultata i učinaka projekata. Usporedit će osnovna pravila provedbe jednoga nacionalnog i jednog natječaja EU u okviru kojih mali i srednji poduzetnici trenutačno provode svoje projekte. Riječ je o nacionalnom programu ‘Poduzetnički impuls 2013.’ te natječaju EU ‘IPA IIIc Potpora jačanju konkurentnosti malih i srednjih poduzetnika (SME Grant)’.
