Od 1. srpnja 2013. zbog primjene novog Zakona o PDV-u i novog Pravilnika o PDV-u (Nar. nov., br. 79/13.) povećat će se broj obveznika PDV-a, iako je i prema novom Zakonu vrijednost godišnjih isporuka kao kriterij obveznog ulaska u sustav PDV-a ostala neizmijenjena i iznosi 230.000 kuna.
Novim je Zakonom izmijenjen porezni status ustanova u kulturi i samostalnih umjetnika. Prema prijašnjim propisima o PDV-u, oni su mogli izabrati između ulaska u sustav PDV-a i poreznog oslobađenja, a novi Zakon više im ne dopušta pravo izbora. Ustanove u kulturi od 1. srpnja 2013. više nisu obveznici PDV-a, čak i ako bi im odgovaralo da to budu. Nasuprot tomu, samostalni umjetnici koji su 2012. ostvarili isporuke u vrijednosti većoj od 230.000 kuna od 1. srpnja 2013. postaju obveznici PDV-a. Prema novom Zakonu, njihove isporuke oporezive ako su upisani u registar poreznih obveznika. Za obvezan upis u registar obveznika PDV-a kao kriterij godišnjih isporuka uzima se bruto ostvareni honorar, što je važno za umjetnike koji ne vode poslovne knjige, nego porez na dohodak plaćaju kao porez po odbitku. Ako im je bruto honorar 2012. bio veći od 230.000 kuna, moraju se do 15. srpnja 2013. prijaviti u registar obveznika PDV-a.
Najveće iznenađenje novog Zakona i Pravilnika o PDV-u odnosi se na privatne ustanove koje obavljaju zdravstvenu djelatnost (privatne poliklinike), ustanove koje pružaju usluge obrazovanja (privatne gimnazije, privatna visoka učilišta) i usluge povezane sa socijalnom skrbi (privatne ustanove za starije i nemoćne). Naime, posebni propisi koji uređuju osnivanje i rad tih djelatnosti omogućuju njihovo obavljanje i u sklopu privatnih ustanova kojima su osnivači fizičke i pravne osobe. Tako Zakon o zdravstvenoj zaštiti taksativno određuje koje oblike zdravstvene zaštite mogu obavljati zdravstvene ustanove kojima su osnivači fizičke osobe i pravne osobe u privatnom vlasništvu. U brojnim se zdravstvenim ustanovama koje imaju ugovorni odnos s Hrvatskim zavodom za zdravstveno osiguranje obavljaju usluge koje za pacijente plaća HZZO. Isto tako, propisi koji uređuju sustav obrazovanja u Hrvatskoj omogućavaju privatnim ustanovama obavljanje tih djelatnosti, pri čemu privatne obrazovne ustanove naplaćuju školarninu od korisnika, ali rade prema verificiranim programima i uz prethodno pribavljenu dopunsnicu Ministarstva obrazovanja. Identično je s privatnim ustanovama socijalne skrbi. I one mogu obavljati djelatnost pod strogom paskom mjerodavnog ministarstva i uz uvjete uređene posebnim propisima.
Zakon o ustanovama regulira osnivanje ustanova od strane fizičkih osoba i pritom izrijekom određuje da se ustanove ne osnivaju radi ostvarivanja dobiti. Stoga Zakon o ustanovama i određuje da cilj rada ustanove nije i ne može biti ostvarivanje dobiti, a ako se dobit ipak ostvari, zabranjuje isplatu dobiti osnivačima i obvezuje ih da ostvarenu dobit iskoriste za unapređenje i razvoj djelatnosti. Unatoč tako strogom određenju iz Zakona o ustanovama, sve privatne ustanove u Hrvatskoj obveznici su poreza na dobit. Zakon o ustanovama zabranjuje isplatu dobiti osnivačima, a porezni propis obvezuje privatne ustanove da plaćaju porez na dobit. U privatnim se ustanovama knjigovodstvo vodi prema propisima koji uređuju vođenje poslovnih knjiga trgovačkih društava – one podnose prijavu poreza na dobit i plaćaju porez na dobit. Porezna uprava je i od privatnih ustanova tražila da dostave odgovarajuće izvještaje o isplaćenoj dobiti (obrazac ID-a, obrazac DU), čime je prešutno priznala da osnivači privatnih ustanova sebi isplaćuju ostvarenu dobit. Osnivači privatnih ustanova vodili su se time da plaćanjem poreza na dobit, a od 1. ožujka 2013. još i plaćanjem poreza na dohodak od kapitala na dobit koju isplaćuju, udovoljavaju postojećim zakonskim propisima.
