Ulaskom na zajedničko tržište EU Hrvatska ulazi i u carinsku uniju, čime joj je osiguran promet robe bez naplate carinskih davanja i bez carinskog nadzora te primjena zajedničke carinske tarife na trgovinske odnose s trećim zemljama.
Najvažnija je izravna korist od carinske unije postupno uklanjanje granične kontrole u EU, čime se izravno štede vrijeme i troškovi kontrole, administrativne procedure špedicije i carinjenja te ubrzava i pojednostavljuje protok osoba i robe. S druge strane, nestaje potreba za uslugama otpremništva i sl.
Kad je riječ o trgovinskim odnosima s trećim zemljama, sva roba koja ulazi na područje EU podliježe jedinstvenim pravilima kontrole i naplate propisanih carina utemeljenih na zajedničkoj carinskoj tarifi. Hrvatska će morati preuzeti ugovore o slobodnoj trgovini koje Europska unija ima s trećim zemljama.
To bi moglo i negativno utjecati na hrvatsku trgovinu jer Hrvatska ima uvozne pristojbe za određen broj proizvoda iz trećih zemalja za koje ih Unija ili nema ili su niže. Izlazak iz Cefte posebno će pogoditi prehrambenu industriju kojoj će izvoz u te zemlje postati skuplji.
