Zbog činjenice da je porezna tarifa izmijenjena na polovini godine, za 2010. će se za godišnji obračun plaća primjenjivati pet poreznih stopa, a tek od 2011. obračun će se sastavljati uz primjenu triju poreznih stopa. Obveza sastavljanja godišnjeg obračuna poreza se odnosi i na zaposlene koji u drugom dijelu godine upotrebljavaju pravo na bolovanje ili rodički dopust i ostvaruju neoporezive naknade plaće, pa valja računati s tehničkim teškoćama. Zbog te će novouvedene obveze neki poslodavci imati dodatne izdatke pri nabavi računalnih programa za sastavljanje godišnjeg obračuna poreza iz plaće.
U sustavu oporezivanja porezom na dodanu vrijednost do kraja 2010. ne bi trebalo biti promjena. Krupne i važne promjene u sustavu PDV-a uslijedit će nakon što se hrvatski Zakon o PDV-u usklađi s direktivama Europske unije. Te će promjene utjecati na porezni položaj poduzetnika koji obavljaju isporuke dobara i usluga koje se po sadašnjim propisima oporezuju nultom stopom (izdavački knjiga, proizvođački kruha, mljeva i dr.). Uklanjanje nulte stope nije predviđeno u ovoj godini. Upitno je hoće li se od 1. siječnja 2011. izmijeniti prag godišnjeg prometa kao kriterij za obvezan ulazak u sustav PDV-a. Sada je taj prag određen u iznosu od 85.000 kuna godišnjih oporezivih isporuka, s najavom možebitnog povećanja od 1. siječnja 2011. godine.
Iako Programom gospodarskog oporavka to nije bilo predviđeno, od 1. srpnja izmijenjen je i Zakon o porezu na dobit. Nije izmijenjena stopa poreza na dobit, ali su promijenjene neke odredbe koje utječu na priznavanje rashoda poslovanja, a tako posredno i na poreznu osnovicu.
Za poduzetnike koji u imovini trgovačkog društva imaju plovila, zrakoplove i kuće za odmor propisan je minimalni godišnji prihod ostvaren uporabom te imovine, kao pretpostavka priznavanja rashoda po osnovi uporabe nabrojanih oblika imovine. Za plovila i zrakoplove (osim zrakoplova koji se upotrebljavaju za prijevoz putnika) postavljen je uvjet minimalnoga godišnjeg prihoda od iznajmljivanja u visini od sedam posto nabavne vrijednosti, a za apartmane i kuće za odmor u visini do pet posto troška nabave, kao uvjet priznavanja amortizacije i svih drugih rashoda vezanih uz uporabu takve imovine.
Budući da je uvjet minimalnog prihoda uveden na polovini godine, za 2010. će se, pretpostavljeno, tražiti minimalni godišnji prihod od 3,5 posto, odnosno 2,5 posto nabavne vrijednosti plovila, zrakoplova i nekretnina namijenjenih za odmor. Svakako će u provedbenim propisima i uputama nadležnog ministarstva trebati razriješiti dvojbe vezane uz status troškova ovih oblika imovine u prvoj polovini 2010. godine, ali i u sljedećim godinama. Poduzetnici koji obavljaju registriranu djelatnost iznajmljivanja plovila, apartmana i kuća za odmor morat će pažljivo planirati razdoblja izvođenja radova na investicijskom i tekućem održavanju, kad je imovina izvan uporabe, kako bi zadovoljili zahtjeve iz poreznih propisa.