I tvrtke koje nisu obveznice PDV-a dužne su za priljene elektroničke usluge same obračunati PDV i uplatiti ga u državni proračun. Jedino tijela državne i lokalne vlasti te sindikati, stranke i komore nemaju obvezu plaćanja PDV-a na ulazne račune za usluge priljene iz inozemstva.
Kad tuzemni porezni obveznik obavi elektroničku isporuku inozemnom kupcu, neće zaračunati porez na dodanu vrijednost. Na izlaznom će se računu pozvati na čl. 5. st. 6. Zakona o PDV-u i navesti da je riječ o isporuci koja ne podliježe oporezivanju u Hrvatskoj. Međutim, ako tuzemni porezni obveznik takvu isporuku obavi inozemnom kupcu koji nije poduzetnik, mijenja se mjesto oporezivanja usluge. U tom se slučaju elektronički obavljena usluga oporezuje prema osnovnom načelu sjedišta poduzetnika koji je uslugu obavio. Porezni obveznik sa sjedištem u Hrvatskoj tada će inozemnom kupcu ipak zaračunati PDV i uplatiti ga u naš proračun. Posljedično, to obvezuje tuzemne porezne obveznike koji inozemnim kupcima obavljaju elektroničke usluge da prethodno provjerite je li riječ o kupcu poduzetniku ili nepoduzetniku.
Svima državama članicama vrijedi opće načelo da se dobra oporezuju u državi u kojoj se troše. Upravo je zbog tog načela izvoz dobara oslobođen plaćanja PDV-a, pa se porez plaća pri uvozu. I dok je za dobra relativno jednostavno utvrditi mjesto oporezivanja, zbog prirode usluga to katkad nije jednostavno. U hrvatski Zakon o porezu na dodanu vrijednost ugrađeno je osnovno pravilo o oporezivanju usluga i tridesetak iznimaka. Prema osnovnom pravilu mjesto oporezivanja, a to znači i obveza plaćanja poreza, određena je u državi u kojoj je sjedište poduzetnika koji je uslugu obavio.
Za usluge za koje su propisane iznimke mjesto oporezivanja određeno je prema sjedištu primatelja usluge ili prema mjestu gdje je usluga stvarno obavljena ili prema drugom propisanom načelu. Uglavnom, porezni obveznici koji kupuju i prodaju usluge u poslovanju s inozemstvom najprije trebaju utvrditi je li za određenu uslugu propisana iznimka pri određivanju mjesta oporezivanja, pa tek ako nije propisana iznimka, primijeniti osnovno pravilo.
U vezi s mjestom oporezivanja usluga izmjenama Zakona o PDV-u koje se primjenjuju od prvog siječnja 2010. uvedene su neke novosti. Povećan je broj usluga obavljanih u prometu s inozemstvom, koje se oporezuju prema sjedištu primatelja usluge. Među ostalima, od prvog se siječnja prema sjedištu primatelja usluge oporezuju telekomunikacijske usluge, usluge radijskog i televizijskog emitiranja te sve elektronički obavljene usluge. Praktično, to znači da je porezni obveznik koji iz inozemstva primi određenu elektroničku uslugu obvezan sam obračunati i platiti porez na dodanu vrijednost. Obveza plaćanja PDV-a dospijeva s istekom mjeseca u kojem je usluga priljena. Porez se obračunava na ukupnu cijenu inozemnog dobavljača preračunanu u kune prema NBH-ovu srednjem tečaju.
