Na VTS-u osnovane su radne skupine za pojedina pravna područja: za građansko i ovršno pravo, pravo trgovačkih društava i sudski registar te stečajno i pomorsko pravo. U sastavu tih skupina predstavnici su VTS-a i sudaca svih prvostupanjskih trgovačkih sudova. Te skupine redovito se sastaju radi zauzimanja zajedničkih stajališta i ujednačivanja sudskih praksi.
U trgovačkim sudovima nastoje promicati sudsku nagodbu i rješavanje sporova mirnim putem kao najpogodnije rješenje za stranke. Iskustvo je pokazalo da znatno više stranaka prihvaća prijedlog o nagodbi ili mirenju kad im to predloži sudac nego netko iz HGK ili HUP-a. Vjerovalne stranke sudstvu ili ne, većina je svjesna da im parnicu mora nastaviti rješavati sudac čiji su prijedlog eventualno odbili, pa radije prihvaćaju nagodbu ili mirenje nego da ustraju u parničenju. Pritom stranke ne mogu ništa izgubiti, jer ako mirenje ne uspije, i dalje ostaje parnica.
Trgovačko sudstvo unatoč nekim dobrim rezultatima nije pripremljeno za posljedice ekonomske krize, u kojoj će biti sve više slučajeva neplaćanja i raznih drugih problema zbog kojih će dojčerašnjim poslovnim partnerima sud trebati sve više. Koliko nedovoljno pripremljenosti pridonosi Vlada, najbolje se vidi u odugovlačenju s imenovanjem u trgovačkom sudstvu, osobito predsjednika Visokog trgovačkog suda kao drugostupanjskog suda u trgovačkim sporovima. Još 23. prosinca 2008. Ivan Šimonović, ministar pravosuđa, smijenio je Srđana Šimca s dužnosti predsjednika Visokoga trgovačkog suda i vršiteljem dužnosti predsjednika imenovao sutkinju Branku Čiraković. Do danas, međutim, nije imenovan novi predsjednik Visokoga trgovačkog suda.
