U za sve negativne aspekte koji proizvodnju biogoriva, a posebno biodiesela terete za zloporabu poljoprivrede radi prenamjene prehrambenih kultura u sirovinu za gorivo, pa time i za drastično poskupljenje hrane, sve su izraženiji tehnički problemi što ih u diesel gorivu, točnije, mješavinama naftnog diesela s biodieselom uzrokuju bakterije. Naime, britanski Automobile Association zaprimio je u posljednje vrijeme lavinu pritužbi vlasnika vozila s diesel motorima koji su pretrpjeli razna mehanička oštećenja nakon uporabe mješavine naftnog i biodiesela. Situacija nije bezazlena, a vozači nisu žrtve vlastitih sklonosti uporabi biodiesela, već je u Velikoj Britaniji na snazi zakonska odredba kojom udjel biodiesela u ukupnom diesel gorivu za prijevoz mora biti barem 2,5 posto. Ustanovljeno je, naime, da se u takvom gorivu pojavljuju želatinozno-sluzave nakupine koje začeljuju fine filtere goriva, a posljedice su nepravilan rad visokotlačnog sustava ubrizgavanja goriva te na kraju vrlo skupi popravci.
Prema riječima Raya Hollowaya, čelnika Udruženja maloprodavača goriva, izdana su detaljna uputstva vlasnicima rezervoara za diesel gorivo o tome kako spriječiti pojavu suvišne vlage u rezervoaru te da strogo vode računa o specifikaciji biogoriva koje zaprimaju i miješaju s naftnim dieselm. Ta je pojava samo potvrdila važnosti upozorenja Denisa Ivanova, vodećega hrvatskog stručnjaka za tehnologiju biogoriva, koji već nekoliko godina upozorava da biodiesel zahtijeva besprijekornu čistoću rezervoara u kojem se skladišti. Međutim, za slučaj s mješavinom Ivanov ne krivi samo biodiesel već je upravo mješavina goriva pogodan teren za bakterijsku degradaciju goriva.
- Rezervoari za skladištenje biodiesela moraju biti besprijekorno čisti, a kondenzacija vlage do koje u pravilu dolazi samo uz nečistoću pospješuje razvoj bakterija. Problem je kad se tako zagađen biodiesel pomiješa s naftnim dieselm, jer se te bakterije zapravo hrane komponentama iz mineralnog diesela. A ako se takva mješavina brzo ne potroši, nastaju sluzavo-želatinozne nakupine koje mogu prouzročiti ozbiljne probleme uđu li u motor – kaže Ivanov.
Osim inzistiranja na čistoći tankova, kao efikasnu preventivnu mjeru Ivanov ističe obvezu dodavanja baktericida u gorivo, a o tome bi brigu trebale voditi računa. Bez dodanog baktericida, napominje Ivanov, i kerozin bi kao avionsko gorivo bio vrlo nepouzdan, jer je jako podložan bakterijskom napadu. Praktičan je savjet vozačima da izbjegavaju opskrbu mješavinom naftnog i biodiesela na manje prometnim mjestima, jer je tamo zbog duljeg stajanja mješavine u rezervoaru veća vjerojatnost zagađenja goriva bakterijama. Ne riješi li se problem brzo i učinkovito, situacije će vrlo skoro biti još gora, s obzirom na to da će se već 2010. godine udjel biodiesela u diesel gorivima morati udvostručiti, na pet posto.