Dosadašnje porezne olakšice i oslobađenja iz Zakona o porezu na dobit ostaju na snazi do kraja 2006. godine i primjenjivat će se pri utvrđivanju porezne osnovice i porezne obveze za ovu godinu.
Na posljednjem saborskom zasjedanju održanom u prvom dijelu svibnja prihvaćen je Zakon o izmjenama i dopunama Zakona o porezu na dobit. Zakon o porezu na dobit primjenjuje se od 1. siječnja 2005. godine, a u manje od godinu i pol dana, to je već druga korekcija propisa koji uređuje oporezivanje dobiti trgovačkih društava i drugih obveznika. Prve izmjene i dopune donesene su u ljetu 2005. i primjenjuju se od 1. siječnja ove godine. Te su izmjene bile više formalno-tehničke, nego sadržajne prirode. Naime, izmjenama Zakona o porezu na dobit iz 2005. samo su olakšice za poduzetnike koji posluju u područjima posebne državne skrbi i u brdsko-planinskim područjima, oslobađenja za poduzetnike s područja Grada Vukovara i olakšice i oslobađenja za porezne obveznike u slobodnim zonama u neizmijenjenom sadržaju i opsegu preseljeni u posebne propise, odnosno u Zakon o područjima posebne državne skrbi, Zakon o obnovi o razvoju Grada Vukovara, Zakon o brdsko-planinskim područjima i u Zakon o slobodnim zonama. Te su formalno-tehničke preinake bile obrazložene potrebom usklađivanja propisa o oporezivanju dobiti sa zahtjevima europske pravne stečevine.
Najnovije izmjene i dopune Zakona o porezu na dobit također su motivirane zahtjevima Europske unije, ali one više nisu samo formalne prirode. Sadržaj tih izmjena u najkraćem se može sažeti u sljedeće: od 1. siječnja 2007. godine ukida se niz do sada propisanih olakšica u porezu na dobit. Prema ocjeni Europske komisije, riječ je o selektivnim olakšicama koje su se ostvarivale kao fiskalne državne potpore, što nije spojivo s funkcioniranjem jedinstvenog tržišta unutar članica Unije.
Porezni obveznici koji su to postali prema posebnim propisima radi obavljanja profesionalne rehabilitacije i zapošljavanja osoba s invaliditetom, plaćali su porez na dobit po stopi 5 posto. Takva olakšice će se primijeniti samo pri utvrđivanju porezne osnovice i porezne obveze za 2006. godinu. Nova pravila oporezivanja primjenjuju se tek na kalendarsku 2007. godinu i kasnije. Stopa poreza na dobit se ne mijenja, i nadalje ostaje 20 posto.
U sljedećoj poreznoj godini obveznici poreza na dobit više neće moći na dosadašnji način koristiti olakšice u obliku dodatnog umanjenja porezne osnovice za plaće i doprinose na plaću novozaposlenih radnika (olakšica se mogla koristiti u trajanju godinu dana od dana zaposlenja, a za novozaposlene invalide u trajanju tri godine od dana zaposlenja), troškove istraživanja i razvoja te troškove školovanja i stručnog usavršavanja radnika. Te porezne pogodnosti poduzetnici ostvaruju još samo pri utvrđivanju porezne obveze za 2006. godinu.
U sljedećim poreznim razdobljima olakšice na osnovi zapošljavanja, školovanja radnika ili izdataka za istraživanje i razvoj, odnosno prema nekoj drugoj osnovi koja bude uređena posebnim propisom, ostvarivat će se u sadržaju i opsegu kako to bude uređeno posebnim propisima. Te će se olakšice ostvarivati ili kao poticaj za koji se koristi porezno oslobađanje ili u nekom drugom propisanom modelu. Novim Zakonom propisano je da porezni obveznici koji u budućnosti budu koristili porezne olakšice prema posebnim propisima osiguraju i posebno knjigovodstveno praćenje poslovnih događaja i obračun dobiti za djelatnost za koju koriste neko porezno oslobađanje ili olakšicu. Ta je obveza bila propisana i prema dosadašnjem propisu, a odnosila se na olakšice u obliku sniženih poreznih stopa ili oslobađanja od obveze plaćanja poreza na dobit. Izmjena Zakona o porezu na dobit obveza zasebnoga knjigovodstvenog praćenja uvodi se za porezne obveznike koji će koristiti posebne poticaje i državne potpore, temeljem kojih će ostvarivati porezne olakšice.
U prijelaznim odredbama Zakona o izmjenama i dopunama Zakona o porezu na dobit nije predviđena mogućnost prenošenja olakšice čije je korištenje počelo u 2006. u sljedeću poreznu godinu. Na primjer, poduzetnik koji tijekom 2006., ali ne na početku kalendarske godine, zaposli novog radnika na neodređeno vrijeme imao bi, da nije bilo izmjene propisa, pravo koristiti poreznu olakšicu za novozaposlene radnike u dva porezna razdoblja: dio u 2006., a drugi dio u trajanju do 12 mjeseci od dana zaposlenja u sljedećem poreznom razdoblju. S obzirom da se olakšica prema toj osnovi ukida od 1. siječnja 2007., porezni obveznik će u ovoj godini moći umanjiti osnovicu poreza na dobit za plaće i doprinose na plaću novozaposlenih radnika samo u dijelu koji se odnosi na kalendarsku 2006. godinu. Na neiskorištenu razliku razdoblja do 12 mjeseci, odnosno za invalide na razliku do razdoblja od tri godine, računajući od dana zaposlenja, porezni obveznik gubi pravo na dodatno umanjenje porezne osnovice.