ako se novi Zakon o porezu na dohodak (NN, br. 177/04.) primjenjuje još od 1. siječnja 2005. godine, cjeloviti Pravilnik o porezu na dohodak kojim se detaljno uređuje primjena novog Zakona objavljen je tek u drugoj polovini godine i stupio je na snagu 11. kolovoza 2005. godine (NN, br. 95/05.). Do stupanja na snagu kompletne Pravilnika o porezu na dohodak primjenjivao se tzv. minipravilnik kojim su bili uređeni neoporezivi iznosi naknada, nagrada i potpora koje se isplaćuju osobama u radnom odnosu, neoporezivi iznosi drugog dohotka i obvezne evidencije o isplaćenim iznosima dohotka.
Pravilnik kao podzakonski propis mora biti u skladu sa Zakonom. Podzakonski propis samo pojašnjava primjenu Zakona i smije obrađivati samo pitanja čiju uredbu Zakon izrijekom dopušta provedbenim propisom. Unatoč tomu novi Pravilnik o porezu na dohodak nastavlja lošu praksu porezne normative u Hrvatskoj i u brojnim odredbama odstupa od Zakona. Neka prava poreznih obveznika uređuje povoljnije, a neka mnogo nepovoljnije od zakonskih odredbi.
Jedna od novina koja će uzrokovati brojne teškoće u praksi, zahtijevati dodatna tumačenja poreznih vlasti, a možda dovesti i do sudskih sporova, odredbe su Pravilnika kojima se nastoji ograničiti isplata drugog dohotka za rad prema ugovoru o djelu osobama koje su u radnom odnosu kod isplatitelja. Namjera je da se u takvim slučajevima svi primici koji se isplaćuju zaposleniku koji kod istog poslodavca (isplatitelja) osim plaće iz radnog odnosa ostvaruje i druge primitke za obavljeni posao oporezuju jednako kao i plaća. Iznimke su propisane samo za točno određene slučajeve.
Drug je dohodak kao nova, šesta vrsta dohotka uveden u pravni sustav od početka 2005. godine. Kao drugi dohodak oporezuju se primici ostvareni izvan radnog odnosa i izvan registrirane samostalne djelatnosti. Jednostavno, kao drugi dohodak oporezuju se primici fizičkih osoba koje ne primaju nijednu od pet drugih vrsta dohotaka. Najčešće je riječ o primicima koje ostvaruju članovi nadzornih odbora i upravnih vijeća, suci porotnici koji nisu u svojstvu djelatnika suda, akviziteri, prevoditelji, novinari koji su osiguranici u sustavu obvezne individualne štednje), a na razliku se plaća porez na dohodak prema stopi od 25% i prirez. Isplativatelj je dužan na svotu isplaćenog primitka obračunati i uplatiti još i 15% doprinosa za zdravstveno osiguranje. Samo se kod nekih vrsta drugog dohotka priznaju paušalni izdaci od 30% (autorski honorari), odnosno 55% (za umjetnička autorska djela), pri čemu su autorske naknade oslobođene plaćanja doprinosa za obvezno osiguranje.
Pravilnikom se izrijekom određuje da novinari, umjetnici i sportaši koji prema osnovi tih djelatnosti ostvaruju primitke u radnom odnosu ne mogu od tih djelatnosti ostvarivati primitke na osnovi drugog dohotka, već im se svi primici oporezuju kao plaća. Naime, novinari, umjetnici i sportaši koji su na toj osnovi obvezno osigurani kao osobe koje obavljaju profesionalnu djelatnost mogu izabrati plaćanje poreza na dohodak od drugog dohotka ili utvrđivanje dohotka na temelju poslovnih knjiga. Ako izaberu plaćanje poreza prema odbitku od drugog dohotka, priznaju im se paušalni izdaci u visini od 30% od ostvarenih primitaka. Priznavanje paušalnih izdataka od 30% uvjetovano je time što je riječ o primicima, umjetnicima i sportašima koji su obvezno osigurani kao osobe koje obavljaju profesionalnu djelatnost. No ako su u radnom odnosu, tada je isplativatelj dužan sve isplaćene honorare oporezivati kao plaću.
Novouvedeno porezno ograničenje kojim fizička osoba kod poslodavca kod kojega je u radnom odnosu ne može ostvariti primitke koji se oporezuju kao drugi dohodak rezultat je nastojanja poreznih vlasti da se svi primici koji poreznim obveznikom priteže iz odnosa radnik – poslodavac oporezuju kao plaća iz radnog odnosa. Porezni propis ne zabranjuje sklapanje ugovora o djelu. On samo određuje da se u slučaju kad se poslovi za istog naručitelja obavljaju i u radnom odnosu naknada za rad prema ugovoru o djelu oporezuje kao plaća.
Razlike u načinu oporezivanja plaće i drugog dohotka nisu nevažne, posebno kad netko ostvaruje više dohotke. Naime, dok se plaća oporezuje prema poreznim stopama od 15, 25, 35 i 45%, ovisno o visini poreznih osnovica, primici od drugog dohotka oporezuju se prema stopi od 25% bez obzira na svojstvo nadzornih odbora i upravnih vijeća, suci porotnici koji nisu u svojstvu djelatnika u sudu, akviziteri, prevoditelji, novinari koji nisu u radnom odnosu, sportski suci i delegati, sve osobe koje rade prema ugovoru o djelu. Procjenjuje se da u Hrvatskoj približno 300.000 osoba ostvaruje takve oblike dohotka.